Das Problem das du hast, ist erstmal unabhängig vom webspace.
Die Domains kannst du einfach direkt auf verschiedene Ordner zeigen lassen. Z.b.
www.xxx.xx zeigt auf /srv/html/public/xxx,
www.yyy.yy zeigt aber auf /srv/html/public/yyy
Somit hast du keine Probleme mit den verschiedenen Inhalten bei verschiedenen Domains.
Was ein größeres Problem darstellt, ist das gemeinsame Login.
Das wirst du nicht schaffen, ohne die einzelnen Logins miteinander auf einen DB-Eintrag zu verweisen.
Oder du machst das so, dass bei der Registrierung automatisch in allen 4 Datenbanken (vorausgesetzt du lässt alles in einer eigenen laufen) die Userkennungen gesetzt werden.
Musst du zwingend phpnuke einsetzen?
Denn mit Typo3 z.B könntest du alles über eine Installation realisieren. Domainverwaltung, Userverwaltung, getrennter Content oder Design....