Ich nutze dazu
rsync-backup - ein paar Scripte, die auf dem bekannten
rsync aufsetzen.
Bei
Freshmeat sind aber noch einige andere, die ebenfalls auf
rsync basieren, gelistet.
Die Synchronisierung findet über SSH getunnelt statt, so dass man sich wg. den über die Leitung gehenden Daten keine Sorgen machen muss.
Aus Performancegründen würde ich vor dem ersten Backup die Daten per
tar cvfj backup.tar.bz2 GEWUENSCHTEVERZEICHNISSE... sichern, auf den Backup-Server kopieren und ins lokale Sicherungsverzeichnis einspielen, damit beim ersten Mal nicht alles per
rsync übertragen werden muss.