Es gibt sehr viele (verschiedene) Anleitungen oder Diskussionen zu Instalationen mit integrierten Extensions und anderen Voreinstellungen, ich kann dir aber grad keine Empfehlen, weil ich sowas noch nie gebraucht habe.
Wenn ich dich richtig verstehe, würdest du die Installation auf jedem Rechner mit dem normalen Installer durchführen wollen. Das einfachste wäre dann wohl eine Batchdatei, die den Installer aufruft und nach der Installation die Default-Konfigurationsdateien im Programmverzeichnis durch deine angepassten ersetzt. Wenn du den Installer im Silent/Unattended-Modus aufrufst, kannst du so die Intallation auch völlig ohne Interaktion auf dem Client installieren lassen, z. B. per Loginscript.
