Zunächst einmal: Wenn dir die Daten wirklich wichtig sind, solltest du Thunderbird nicht mehr starten und zunächst einmal dein Profilverzeichnis sichern. Noch besser wäre ein Partitionsimage (sektorweise, nicht nur von den darauf befindlichen Dateien). Ein Zwischending wäre, das Profil auf eine andere(!) Partitin oder ein anderes Medium zu sichern und auf Gut glück mal zu gucken, ob man noch mit Datenrettungssoftware Dateien aus dem Profilverzeichnis wiederherstellen kann. Wenn du noch Inhalte aus den Mails aus dem Kopf weißt, kannst du sogar per Volltextsuche die ganze Partition durchsuchen und ggf. zumindest Fragmente retten.
Ist das ein IMAP oder POP3-Konto? Hast du virtuelle Ornder angelegt oder waren das "echte"? Bei echten sollte es eine gleichnamige Datei in dem Profilverzeichnis geben, entweder unter Mail/Local Folders oder unter dem Namen des Mailkontos (gewöhnlich mir dem Namen des POP/IMAP-Servers identisch) unterhalb von Mail bzw. ImapMail.
