Bin mir zwar nicht ganz sicher, was Du mit einer Verknüpfung meinst, aber ich denke mal Du willst einfach mehrere Verzeichnisse freigeben, die dann bei der Anmeldung auf dem FTP sichtbar sind.
Das geht mit den virtuellen Verzeichnissen. Du erstellst ein leeres Homeverzeichnis und die Verzeichnisse, die Du freigeben willst, gibst Du bei den virtuellen Verzeichnissen an. Da kannst Du auch für jedes Verzeichnis andere Rechte vergeben.
Ich glaube aber dieses Feature ist bei der aktuellen "Lite"-Version rausgenommen worden.
Nutze noch die Version 2.2 (Freeware). Wenn Du die brauchen solltest und nicht mehr findest, kann ich sie Dir hochladen.